Kinerja Jonan yang luar biasa membuahkan hasil dengan meraih sejumlah penghargaan bergengsi, baik nasional maupun internasional. Ia mendapatkan gelar Doktor Kehormatan (Doktor Honoris Causa) dari Universitas Airlangga.
Ignasius menerima lencana bintang jasa “Chevalier de la Légion d'Honneur” dari Presiden Prancis, Y.M Francois Hollande di tahun 2016 atas jasanya dalam modernisasi perkeretaapian Indonesia.
Pada November 2022, ia sukses meraih Bintang Mahaputera Utama dari Pemerintah Indonesia dan Order of the Rising Sun, Gold and Silver Star dari Pemerintah Jepang atas kontribusinya di sektor energi dan transportasi.
Sosoknya yang dikenal religius dan aktif dalam Gereja Katolik membuat Jonan dianugerahi Bintang Ordo Gregorius Agung dari Vatikan pada November 2023. Ia juga diangkat sebagai Komandan Ksatria St. Gregorius Agung.
Jejak perjalanan karier dan prestasi yang diraihnya membuat profil Ignasius Jonan banyak dikagumi. Kesuksesannya membuktikan bahwa dengan kerja keras dan dedikasi seseorang dapat meraih cita-citanya.