Dalam tahap awal, FlyJaya menggunakan pesawat ATR 72-500. Jenis pesawat ini dikenal hemat bahan bakar, ramah lingkungan, dan sangat cocok untuk rute jarak pendek antarkota. Armada FlyJaya menjadi pilihan tepat untuk menjangkau wilayah dengan bandara kecil atau terbatas.
Rute perdana FlyJaya diluncurkan pada 3 Juli 2025, dari Bandara Halim Perdanakusuma (Jakarta) ke Bandara Adisutjipto (Yogyakarta). Rute ini dinilai strategis karena Bandara Adisutjipto lebih dekat ke pusat kota dibandingkan Bandara Yogyakarta International Airport (YIA).
Selain Yogyakarta, rute lain yang direncanakan adalah ke Bandung dan Balikpapan. Jadwal penerbangan Halim–Yogyakarta berangkat pukul 06.20 WIB dan tiba pukul 07.50 WIB, dengan penerbangan balik tersedia hingga sore hari.
Untuk bisa mengudara secara legal, FlyJaya telah mengantongi Air Operator Certificate (AOC), yang menjadi syarat mutlak dalam industri penerbangan. Tak hanya itu, peluncuran FlyJaya juga mendapat dukungan langsung dari pemerintah, termasuk dari Menteri BUMN Erick Thohir dan Menteri Perhubungan Dudy Purwaghandi.
Pemerintah melihat kehadiran maskapai ini sebagai bagian dari solusi jangka panjang dalam membangun konektivitas nasional. Tidak hanya mendukung mobilitas masyarakat, tetapi juga memperkuat pertumbuhan ekonomi lokal di daerah-daerah yang selama ini sulit dijangkau lewat udara.