Badan Pangan Nasional dipimpin oleh seorang kepala dan bertanggung jawab langsung kepada presiden.
Pasal 3 Peraturan Presiden Nomor 66 Tahun 2021 tentang Badan Pangan Nasional membeberkan 11 fungsi badan tersebut.
1. Mengoordinasikan, merumuskan, dan menetapkan kebijakan soal ketersediaan pangan, stabilisasi pasokan dan harga pangan, kerawanan pangan dan gizi, penganekaragaman konsumsi pangan, dan keamanan pangan;
2. Mengoordinasikan pelaksanaan kebijakan ketersediaan pangan, stabilisasi pasokan dan harga pangan, kerawanan pangan dan gizi, penganekaragaman konsumsi pangan, dan keamanan pangan;
3. Melaksanakan pengadaan, pengelolaan, dan penyaluran cadangan pangan pemerintah melalui Badan Usaha Milik Negara di bidang pangan;
4. Mengendalikan kerawanan pangan dan mengawasi pemenuhan persyaratan gizi pangan;
5. Mengembangkan dan memantapkan penganekaragaman dan pola konsumsi pangan, serta pengawasan penerapan standar keamanan pangan yang beredar;
6. Melaksanakan bimbingan teknis dan supervisi atas pelaksanaan urusan di bidang pangan;
7. Mengembangkan sistem informasi pangan;
8. Mengoordinasikan pelaksanaan tugas, pembinaan, dan pemberian dukungan administrasi kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Badan Pangan Nasional;
9. Mengelola barang milik negara yang menjadi tanggung jawab Badan Pangan Nasional;
10. Mendukung yang sifatnya substantif kepada seluruh unsur organisasi di lingkungan Badan Pangan Nasional;
11. Mengawasi pelaksanaan tugas di lingkungan Badan Pangan Nasional.
Pasal 4 ayat (1) Perpres sama menyebutkan 9 jenis pangan yang menjadi tugas dan fungsi Badan Pangan Nasional: beras, jagung, kedelai, gula konsumsi, bawang, telur unggas, daging ruminansia, daging unggas, dan cabai.