Meski memiliki banyak manfaat, penggunaan etanol dalam BBM juga memiliki sejumlah keterbatasan teknis yang perlu diperhatikan. Berikut ini beberapa di antaranya:
1. Konsumsi bahan bakar meningkat
Etanol memiliki kandungan energi lebih rendah dibandingkan bensin. Energi per liter etanol berkisar 27 megajoule/kg, sedangkan bensin sekitar 43–44 megajoule/kg. Akibatnya, kendaraan membutuhkan volume bahan bakar yang sedikit lebih banyak untuk menghasilkan tenaga yang sama.
Pada campuran rendah (E5–E10), dampaknya relatif kecil, namun pada campuran tinggi (E20 ke atas), efisiensi bahan bakar dapat menurun hingga 3–5 persen.
2. Potensi korosi akibat penyerapan air
Etanol bersifat higroskopis, yakni mudah menyerap air dari udara. Jika air terakumulasi di dasar tangki bahan bakar, hal ini dapat menyebabkan korosi pada komponen logam serta menurunkan kualitas bahan bakar.
Kondisi ini berisiko terjadi pada kendaraan yang jarang digunakan atau disimpan dalam waktu lama.
3. Sulit dinyalakan pada suhu rendah
Etanol memiliki tekanan uap (Reid Vapor Pressure) yang lebih rendah dibandingkan bensin, sehingga lebih sulit menguap di suhu dingin. Akibatnya, mesin kendaraan dapat lebih sulit dihidupkan pada pagi hari atau di daerah bersuhu rendah.
4. Penurunan efisiensi volumetrik
Perbedaan karakteristik penguapan antara etanol dan bensin dapat memengaruhi volumetric efficiency mesin, yaitu kemampuan silinder menarik campuran udara dan bahan bakar. Kondisi ini dapat sedikit menurunkan performa kendaraan, terutama pada model lama yang belum dirancang untuk bahan bakar campuran.