Mengingat pengertian GPN sebagai sistem pembayaran nasional. GPN dikelola oleh sejumlah lembaga. Dalam rangka mendukung pelaksanaan GPN, terdapat tiga lembaga yang berperan serta dalam pengelolaannya.
Berikut daftar lembaga penyelenggara GPN.
1. Lembaga standar
Lembaga standar adalah lembaga yang menyusun dan mengelola standar dalam GPN. Fungsinya dijalankan oleh Asosiasi Sistem Pembayaran Indonesia (ASPI).
2. Lembaga switching
Berikutnya, lembaga switching merupakan lembaga yang menyelenggarakan switching dalam GPN. Kini, lembaga switching dikelola oleh empat penyelenggara jaringan domestik.
Adapun lembaganya, yaitu PT Artajasa Pembayaran Elektronik (ATM Bersama), PT Rintis Sejahtera (ATM PRIMA), PT Jalin Pembayaran Nusantara (ATM Link), dan PT Alto Network (ATM ALTO).
3. Lembaga services
Terakhir, ada lembaga services yang mengelola fungsi services dalam GPN.
Lembaga satu ini merupakan konsorsium dari sejumlah bank BUKU IV dan switching untuk melayani berbagai kebutuhan operasional industri. Mulai dari rekonsiliasi, kliring, dan setelmen.
Saat ini, lembaga services fungsinya dijalankan PT Penyelesaian Transaksi Elektronik Nasional (PTEN).