Kuntoro Mangkusubroto lahir pada 14 Maret 1947 di Purwokerto, Jawa Tengah. Ayahnya adalah seorang pengacara, sementara ibunya merupakan seorang dosen Bahasa Inggris di Universitas Sudirman, Purwokerto. Masa sekolahnya ia habiskan di kota kelahirannya hingga akhirnya berkuliah di Institut Teknologi Bandung (ITB) pada 1972.
Kuntoro melanjutkan pendidikannya di Universitas Northeastern dan Universitas Stanford jurusan Teknik Industri pada 1976; kemudian di tahun 1997 ia melanjutkan pendidikan S2 Teknik Sipil di Universitas Stanford; dan pada 1982, Kuntoro menempuh pendidikan S3 Teknik bidang Ilmu Keputusan di ITB.
Jejak karir Kuntoro diawali dengan menjadi Dosen di jurusan Teknik Industri ITB, kemudian pada1983, ia mulai terlibat dalam pemerintahan dengan menjadi Staf Ahli Menteri Muda UP3DN, Ginanjar Kartasasmita; berlanjut menjadi Pembantu Asisten Administrasi Menteri Sekretaris Negara RI Safaruddin Husada, pada 1984.
Dari titik di atas, jabatan demi jabatan strategis pun mulai ia jalani, mulai dari Direktur Utama PT Tambang Batubara Bukit Asam (1988-1989); Direktur Utama PT Tambang Timah (1989-1994); Direktur Jenderal Pertambangan Umum, Departemen Pertambangan dan Energi (1993-1997); lalu Deputi Bidang Perencanaan, Badan Kordinasi Penanaman Modal (1997-1998).
Kemudian, ia pun diangkat sebagai Menteri Pertambangan Kabinet Pembangunan VII di era pemerintahan Presiden Soeharto (1998) dan berlanjut di masa transisi reformasi pemerintahan Presiden B. J. Habibie (1998-1999).
Jabatan ini membawa Kuntoro Mangkusubroto memimpin sebagai Direktur Utama PLN (2000); dilanjutkan sebagai Kepala Badan Pelaksana - Badan Rehabilitasi dan Rekonstruksi Aceh-Nias (2005); dan Kepala Unit Kerja Presiden bidang Pengawasan dan Pengendalian Pembangunan (UKP4) di Kabinet Indonesia Bersatu II di tahun 2009.